御苑的历史可以追溯到平安时代。
它曾作为公家町而繁荣，而后又荒废、重建。
京都御苑所在的京都盆地是频繁发生河流泛滥的地方，以榆科落叶阔叶树为主的植被（京都的原生植被 ，被称为“山城原野”）遍布此处。进入平安时代(794–1185)后，因泛滥区域缩小等原因，在现在的京都御苑所在之处修建了天皇的住所——御所（皇宫），然后又以御所为中心，形成了公家（宫廷贵族）宅邸林立的“公家町”（公家之城）。这里既是日本的权利中心，又是天皇身边的公家的文化繁荣之地。
到了明治时代(1868–1912)，由于明治维新（1868年开始）以及迁都东京，公家町很快便荒废了。明治天皇(1852–1912)对此感到悲叹，根据他的意愿，京都府开启了“大内保存事业”，将公家町旧址修建为御所外苑，即御苑。在这项事业中，京都府整修了御苑道路，并开展了包括京都市民等在内，由全日本捐赠树木的植树活动。大正时代(1912–1926)初期，为了配合大正天皇(1879–1926)的即位仪式（大正大礼），苑内进行了大规模的整修，为今天拥有整齐宽阔的车马道、绿树成荫的人行道、四面环山的风景等的御苑景观奠定了基础。经过150年的岁月，京都御苑成为了京都市内规模最大的林地。
二战后，这里作为国民公园，成为了市民们日常散步或进行体育运动等的地方。苑内保留了漫长历史中形成的与皇室（天皇）渊源深厚的景观与活动，比如御所、御所外苑风景、葵祭与时代祭等，到访者能够在这里感受历史的多重面貌。
古代–
近代前叶
古代–近代前叶
①御苑修建前，京都盆地是频繁发生河流泛滥的地方，以榆科落叶阔叶树为主的植被（京都的原生植被 ，被称为“山城原野”）遍布此处。
②794年（延历13年），日本平安时代(794–1185)的都城平安京（现在的京都） 的内廷建成。桓武天皇(737–806)决定的内廷（皇宫）位于现在京都御所以西约2公里处，由于内廷接二连三被烧毁，便主要将摄关家（出自镰仓时代的藤原氏嫡系，公家（宫廷贵族）中地位最高的五大家族之一 ）的宅邸暂时作为皇宫设立了临时内廷。
③内廷因火灾被烧毁后，便没有再在原来的位置上重建内廷，1227年（安贞元年），在现在的位置创建了内廷。
④1331年（元弘元年），光严天皇(1313–1364)即位，内廷成为御所。
⑤1392年（明德3年），由于南北朝合一，原来仅为北朝天皇皇宫的内廷 从此成为了名副其实的皇宫。直到明治时期(1868–1912)的约500年间，这里一直是天皇的住所。
⑥安土桃山(1568–1603)–江户时代(1603–1867)初期，以御所为中心形成了公家町（公家之城）。1708年（宝永5年），宝永大火烧毁了南部区域的房屋等。公家宅邸扩建到被烧毁之处，公家町的占地面积得以扩大。
近代
⑦随着明治天皇(1852－1912)迁都东京，周边的公家（宫廷贵族）也迁往东京。公家町（公家之城）也因明治维新（1868年开始）而很快便荒废了。
⑧1877年（明治10年），明治天皇挂念公家町荒废一事，命令京都府保存御所，维持原有景观。
⑨1883年（明治16年），大内保存事业完成，其内容包括拆除房屋、建造外围石墙土垒、修建道路、种植树木等。
⑩1914年（大正3年），作为大正天皇(1879–1926)即位仪式（大正大礼）的一环，实施了建礼门大道的加宽改造等改建工程。现在京都御苑的面貌基本形成。
现在
⑪1947年（昭和22年），内阁决定把京都御苑作为国民公园，赋予了它作为御所前院维持景观的作用和作为城市公园的作用。
⑫1949年（昭和24年），京都御苑作为国民公园向公众开放，迎来了众多游客。1951年修建了网球场与儿童公园等设施。
⑬1971年（昭和46年），管辖机关由厚生省变更为环境厅，促进人们亲近自然这一京都御苑的新作用受到了重视。1981年兴建了“出水小溪”，1986年开发了“母与子之森”。
⑭2005年（平成17年），在为昭和天皇(1901–1989)即位大礼而修建的宴会厅旧址 上建成了京都迎宾馆。此后，京都迎宾馆迎接了许多来自海外的宾客。
