歷史可上溯至平安時代。
公家町的繁榮、荒廢，以及復興。
京都御苑所在的京都盆地是河川頻繁氾濫之處，以榆科落葉闊葉樹為主的植被（山城原野）分布於此。進入平安時代（西元794－1185）以後，因氾濫處縮小等影響，現在的京都御苑所在之處成為天皇居住的御所，而後則以御所為中心，形成了朝臣宅邸林立的「公家町」（朝臣之城）。這裡既是日本權力的中心，同時也是環繞天皇的朝臣貴族文化璀璨綻放之處。
進入明治時代（西元1868－1912）後，公家町因明治維新（西元1868年開始）與遷都東京而快速凋零。明治天皇(西元1852－1912)對此深感遺憾，於是提議啟動了「大內保存事業」，將公家町舊址建設為御所外苑與御苑，並進行苑路的建設，以及包含京都市民在內等來自日本全國各地進行獻木的植樹活動。大正時代（西元1912－1926）初期，配合大正天皇（西元1879－1926）的即位式（大正大禮），在苑內進行了大規模的整修，完成整齊寬闊的車馬道、樹間的苑路、四方連山眺景等，立下今日御苑風格的景觀基礎。經歷了150年的歲月後，形成了京都市區中最大規模的樹林。
第二次大戰後，此地成為國民公園，是市民散步、運動等日常活動的地點。苑內保留了御所、御所外苑的風景、葵祭、時代祭等，在漫長的歷史中孕育而出，且與皇室（天皇）淵源匪淺的文物景觀，來苑者可在此感受到豐厚層疊的歷史風采。
古代～近代早期
古代～近代早期
① 修築御所之前的京都盆地，曾是頻繁發生河川氾濫的土地，以榆科落葉闊葉樹為主的植被（山城原野）分布於此。
② 西元794年（延曆13年），平安時代（西元794－1185）的首都平安京（現在的京都） 的內裡落成。桓武天皇（西元781－806）所頒定的內裡（內廷、皇居）雖位於距離現在的京都御所西方約2公里處，但因內裡多次燒毀，因此一度將作為皇居的里內裡設置於輔政大臣（攝政、關白）的宅邸。
③ 內裡因祝融之災燒毀，之後未於原址重建，而是在西元1227年（安貞元年）於現在的位置創建了內裡。
④ 西元1331年（元弘元年），光嚴天皇（西元1313－1364）即位，內裡成為御所。
⑤ 西元1392年（明德3年），因南北朝合一，內裡名、實皆訂定為皇居。直至明治時期（西元1868－1912）為止，約500年間皆為天皇的居所。
⑥ 安土桃山（西元1573－1603）至江戶時代（西元1603－1867）初期，以御所為中心形成了「公家町」（朝臣之城）。西元1708年（寶永5年），南側處住商混合的町屋燒毀於寶永大火之中。朝臣宅邸於其址擴大，公家町的用地隨之擴張。
近代
⑦ 隨著明治天皇（西元1852－1912）遷都東京，周圍的朝臣也遷往東京。公家町在明治維新（西元1868年開始）的同時迅速荒廢。
⑧ 西元1877年（明治10年），明治天皇有感於公家町的荒廢，因而下令在京都府保存御所與維持原貌。
⑨ 西元1883年（明治16年），拆除宅邸、修築外圍石牆土木工程、道路工程、樹木栽種等的大內保存事業完成。
⑩ 西元1914年（大正3年），實施建禮門大通拓寬改良等改建工程，以作為大正天皇（西元1879－1926）即位式（大正大禮）的一環。現有的京都御苑形貌幾乎完成。
現況
⑪ 西元1947年（昭和22年），內閣會議決定設立為國民公園，並賦予維持御所前庭景觀和都市公園的定位。
⑫ 西元1949年（昭和24年），京都御苑成為對民眾開放的國民公園，遊客絡繹不絕。西元1951年修建了網球場、兒童公園等。
⑬ 西元1971年（昭和46年），主管機關由厚生省更改為環境廳，推動親近大自然也成為備受重視的新功能。西元1981年建設了出水之小川，西元1986年建設了母與子之森。
⑭ 西元2005年（平成17年），京都迎賓館於為昭和天皇（西元1901－1989）即位大禮而修建的 饗宴場舊址上落成。其後曾接待眾多海外來訪的貴賓。
