一邊欣賞，一邊感受歷史。淵遠流長的名樹為數眾多。
苑內的樹木之中，也有富有故事來歷，或與皇室宮家、高級貴族的宅邸相關的樹木。它們從西元1925（大正14）年起被定位為「名樹」，之後隨著時代遞嬗而追加。現在，記載於西元1955年（昭和30年）的《京都園藝第四十一輯》中收錄的〈關於御苑內的名樹〉（作者：小川三之助）的名樹中，現存（包含後繼樹木）的16棵被定位為名樹。
這些名樹彷彿在現代重現了過去居住於以御所為中心形成的朝臣貴族之城中，貴族們的嗜好及其宅邸的丰姿。部分設有解說板，可了解固有的故事來歷等。這些名樹與御苑內其他巨樹，是構成御苑特有的巨樹和名樹風景時的重要要素。
烏心石
今出川門內之樟樹
無患子
五松
御里御殿公孫樹（銀杏）
大宮家之糙葉樹
黑木之梅
赤皮
凝華洞之松
梓樹
清水谷家之糙葉樹
穗波家之松
上溝櫻
車還櫻
苦楝
林丘寺御里坊之公孫樹（銀杏）
