見るほどに歴史を感じる、由緒ある名木の数々。
苑内の樹木の中には、故事来歴や宮家・堂上公家の屋敷に関する樹木があり、それらは 1925年（大正 14年）に「名木」として位置付けられました。その後も時代を経るに従い追加され、現在では、1955年（昭和 30年）の「京都園藝第四十一輯」に収録された「御苑内の名木に就いて（小川三之助）」記載の名木のうち、現存（後継樹含む）している16本を名木と位置付けています。
これらの名木は、御所を中心とした公家町に居住していた公家の嗜好、公家の屋敷の佇まいを現代でも彷彿とさせています。一部には解説板が設置されており、固有の故事来歴等が分かります。これら名木は、御苑内の他の巨木と合わせ、御苑特有の巨樹・名木の風景を形作る重要な要素となっています。
おがたまの木
今出川門内の楠
むくろじ
五松
御里御殿公孫樹
大宮家の椋
黒木の梅
いちい樫
凝華洞の松
きささげ
清水谷家の椋
穂波家の松
うわみずざくら
車還桜
せんだん
林丘寺御里坊の公孫樹
